El linaje B.1.1.529 se detectó en Gauteng, una de las nueve provincias que compone la Republica de Suráfrica y cuya capital es Johannesburgo. Según los datos que ha facilitado el NICD (Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles de Suráfrica) el jueves 25 del presente mes y la OMS la designó como variante de interés el 26 de noviembre.

El hallazgo se ha producido al realizar la secuenciación del genoma del coronavirus circulante, proceso rutinario en todos los países del mundo desde marzo de 2020, al analizar muestras recolectadas entre el 14 y el 23 de noviembre, detectaron que más del 70% de los genomas que estaban secuenciando eran diferentes a los que se veían en otras cepas.

El coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-Cov-2), EL virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), posee múltiples variantes que corresponden a alteraciones puntuales a nivel de sus diferentes proteínas virales que cambian sus propiedades. Las mutaciones o cambios en el ARN viral son detectables a través de la secuenciación genómica completa.

Tal como explica el CDC (Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades) la secuenciación es una manera de decodificar los genes de un virus y entender mejor factores como la propagación y la evolución. Las estadísticas del grupo muestran rápidamente el linaje principal de la mayoría de las muestras examinadas. Algunos hallazgos logrados a través de pruebas PCR dan pistas sobre el linaje cuya presencia se sospecha.

La mayoría de los cambios tienen escaso o nulo efecto sobre las propiedades de los virus.
Algunos de los cambios si pueden influir sobre las propiedades del virus:

• gravedad de la enfermedad asociada
• eficacia de las vacunas
• medicamentos para el tratamiento
• medios de diagnóstico

La OMS (Organización Mundial de la Salud) regula y evalúa la evolución del SARS-Cov-2 desde el inicio en colaboración con:

• Redes de expertos
• Autoridades sanitarias
• Instituciones de investigadores

Empezando a utilizarse VOI (variante de interés) y VOC (variante preocupante) para orientar la respuesta a la pandemia del COVID-19.

La nueva variante es “muy diferente” de las demás cepas aparecidas hasta ahora, con un total de 50 mutaciones, de las cuales 32 se encuentran en las proteínas de espiga.

Un virus modificado se denomina «variante» del virus original, aunque el núcleo esencial del virus sigue siendo el mismo.
Los cambios en el código genético del virus se llaman mutaciones, en comparación con el virus SARS-Cov-2 original.
Gracias a estos cambios, el virus sobrevive mejor o se transmite con mayor eficacia.
El potencial peligro de una cepa reside en una combinación de factores:

• intensidad de los síntomas
• capacidad de resistencia frente al sistema inmunológico
• facilidad de transmisión

Bibliografía:

NICD (Instituto Nacional de Enfermedades Transmisiblies de Suráfrica): «Nueva variante detectada en sur Africa», 25.11.2021
https://www.nicd.ac.za/new-covid-19-variant-detected-in-south-africa/

ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses): coronavidae
https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_9th_report/positive-sense-rna-viruses-2011/w/posrna_viruses/222/coronaviridae

Baltimore D.; «Expression of animal virus genomes». Bacteriol Rev. 1971 Sep;35(3):235-41. doi: 10.1128/br.35.3.235-241.1971. PMID: 4329869; PMCID: PMC378387.
https://journals.asm.org/doi/pdf/10.1128/br.35.3.235-241.1971

OMS: «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern»
https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

OMS: «Variantes preocupantes» VOC
https://actualidad.sld.cu/wp-content/uploads/2021/06/Captura-21.jpg

OMS: «Variantes de interés» VOI
https://actualidad.sld.cu/wp-content/uploads/2021/06/Captura-22.jpg

GISAID: «Clade and lineage nomenclature, March 2, 2021»
https://www.gisaid.org/references/statements-clarifications/clade-and-lineage-nomenclature-aids-in-genomic-epidemiology-of-active-hcov-19-viruses/

NEXTRAIN; «Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy»
https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming

CDC (Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades, Gov.USA):»Clasificaciones y definiciones de las variantes del SARS-CoV-2″
https://espanol.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html

Ministerio de Sanidad de España: Actualización de la situación de las variantes de SARS-Cov-2 de preocupación (VOC) y de interés (VOI)
https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov/documentos/COVID19_Actualizacion_variantes_20211018.pdf