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Omicron: nueva variante del SARS-Cov-2

27 sábado Nov 2021

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El linaje B.1.1.529 se detectó en Gauteng, una de las nueve provincias que compone la Republica de Suráfrica y cuya capital es Johannesburgo. Según los datos que ha facilitado el NICD (Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles de Suráfrica) el jueves 25 del presente mes y la OMS la designó como variante de interés el 26 de noviembre.

El hallazgo se ha producido al realizar la secuenciación del genoma del coronavirus circulante, proceso rutinario en todos los países del mundo desde marzo de 2020, al analizar muestras recolectadas entre el 14 y el 23 de noviembre, detectaron que más del 70% de los genomas que estaban secuenciando eran diferentes a los que se veían en otras cepas.

El coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-Cov-2), EL virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), posee múltiples variantes que corresponden a alteraciones puntuales a nivel de sus diferentes proteínas virales que cambian sus propiedades. Las mutaciones o cambios en el ARN viral son detectables a través de la secuenciación genómica completa.

Tal como explica el CDC (Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades) la secuenciación es una manera de decodificar los genes de un virus y entender mejor factores como la propagación y la evolución. Las estadísticas del grupo muestran rápidamente el linaje principal de la mayoría de las muestras examinadas. Algunos hallazgos logrados a través de pruebas PCR dan pistas sobre el linaje cuya presencia se sospecha.

La mayoría de los cambios tienen escaso o nulo efecto sobre las propiedades de los virus.
Algunos de los cambios si pueden influir sobre las propiedades del virus:

  • gravedad de la enfermedad asociada
  • eficacia de las vacunas
  • medicamentos para el tratamiento
  • medios de diagnóstico

La OMS (Organización Mundial de la Salud) regula y evalúa la evolución del SARS-Cov-2 desde el inicio en colaboración con:

  • Redes de expertos
  • Autoridades sanitarias
  • Instituciones de investigadores

Empezando a utilizarse VOI (variante de interés) y VOC (variante preocupante) para orientar la respuesta a la pandemia del COVID-19.

La nueva variante es “muy diferente” de las demás cepas aparecidas hasta ahora, con un total de 50 mutaciones, de las cuales 32 se encuentran en las proteínas de espiga.

Un virus modificado se denomina «variante» del virus original, aunque el núcleo esencial del virus sigue siendo el mismo.
Los cambios en el código genético del virus se llaman mutaciones, en comparación con el virus SARS-Cov-2 original.
Gracias a estos cambios, el virus sobrevive mejor o se transmite con mayor eficacia.
El potencial peligro de una cepa reside en una combinación de factores:

  • intensidad de los síntomas
  • capacidad de resistencia frente al sistema inmunológico
  • facilidad de transmisión

Bibliografía:


NICD (Instituto Nacional de Enfermedades Transmisiblies de Suráfrica): «Nueva variante detectada en sur Africa», 25.11.2021
https://www.nicd.ac.za/new-covid-19-variant-detected-in-south-africa/


ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses): coronavidae
https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_9th_report/positive-sense-rna-viruses-2011/w/posrna_viruses/222/coronaviridae


Baltimore D.; «Expression of animal virus genomes». Bacteriol Rev. 1971 Sep;35(3):235-41. doi: 10.1128/br.35.3.235-241.1971. PMID: 4329869; PMCID: PMC378387.
https://journals.asm.org/doi/pdf/10.1128/br.35.3.235-241.1971


OMS: «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern»
https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern


OMS: «Variantes preocupantes» VOC
https://actualidad.sld.cu/wp-content/uploads/2021/06/Captura-21.jpg

OMS: «Variantes de interés» VOI
https://actualidad.sld.cu/wp-content/uploads/2021/06/Captura-22.jpg

GISAID: «Clade and lineage nomenclature, March 2, 2021»
https://www.gisaid.org/references/statements-clarifications/clade-and-lineage-nomenclature-aids-in-genomic-epidemiology-of-active-hcov-19-viruses/

NEXTRAIN; «Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy»
https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming

CDC (Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades, Gov.USA):»Clasificaciones y definiciones de las variantes del SARS-CoV-2″
https://espanol.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html

Ministerio de Sanidad de España: Actualización de la situación de las variantes de SARS-Cov-2 de preocupación (VOC) y de interés (VOI)
https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov/documentos/COVID19_Actualizacion_variantes_20211018.pdf

Adaptación del SARS-CoV-2

02 domingo May 2021

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El análisis filogenético de los coronavíridos (Coronaviridae) indican un nuevo linaje del subgénero Sarbecovirus dentro del género Betacoronavirus, son virus ARNm monocatenarios positivos (ARNmc+ o virus (+) ssRNA), no se replica usando ADN intermediario. Pertenecen al Grupo IV de la clasificación de Baltimore. Con más de 12 patógenos específicos de mamíferos y aves. El ARN es de simple hélice, sentido positivo de 27 a 31 kilobases, con superficies reunidas de 120 a 160 mm de diámetro. Ambos 5´y 3´terminales de genoma tienen una cubierta y un politracto (A) respectivamente.

Las mutaciones se producen en todos los organismos a medida que las células se replican. Los virus ARN mutan más deprisa, cuando el virus hace copias, la enzima que replica el genoma comete errores. La molécula de ADN esta formada por 4 bases: A, G, C y U. La sustitución de los aminoácidos que forman las proteínas superficiales del virus, pueden cambiar las características de propagación y su reacción ante medicamentos antivirales y vacunas.
Los virus de ARN suelen tener tasas más elevadas de mutación que los virus ADN, sin embargo; los coronavirus producen menos mutaciones que la mayoría de los virus ARN porque codifican una enzima que corrige errores cometidos durante la replicación. Incrementa en frecuencia una mutación.

El destino de la mutación esta determinado por la selección natural: si tiene ventaja competitiva respecto a la replicación viral: mejora la transmisión o esquiva la inmunidad; aumentará en frecuencia.
Las mutaciones se suelen producir en la «glicoproteina de pico» que media la unión a las células y es un objeto principal de los anticuerpos neutralizantes. Una mutación puede mejorar la adaptación del virus (unión a receptor) pero también puede perjudicarle si reduce la resistencia a los anticuerpos generados por el huésped.
La genética confirma que aunque los virus viven mutando, su frecuencia de mutación no es muy alta. Es un tipo de virus de ARN que utiliza sus propias enzimas para crear copias de genoma, muta y esa capacidad de mutación es su mayor peligro.

El genoma del virus está asociado con la proteína de la nuclecápside (N).

Esta formado por una cadena de RNA monocatenario de polaridad positiva (+ssRNA) de aproximadamente 30.000 pares de bases.


El genoma se puede dividir en 3 tercios:

  • Los dos primeros tercios (próximos al extremo 5´) codifican para el gen de la replicasa viral (constituido por dos ORF (ORF1a y ORF1b), al comienzo de la infección, se traducen en 2 poliproteínas pp1a y pp1ab, procesadas proteolíticamente para generar 16 proteínas no estructurales (nsps) implicadas en la replicación del genomal viral y en la transcripción del RNAm subgenómicos.

  • El último tercio del genoma (cercano al extremo 3´) codifica los genes de las 4 proteínas estructurales principales (proteína (S), proteína (M), proteína (E) y proteína (N) y los genes de las proteínas accesorias.


  • La nueva variante India esta detrás del auge de la pandemia en el sur de Asia(doble mutante del coronavirus la mutación L452R y la mutación E484Q) que le permiten acoplarse con mayor facilidad a las células, como antes fue la británica, subafricana (N501Y) y brasileña. Se ha expandido desde China a los demás continentes.

La teoría de Darwin de la evolución presentada en 1859 requiere variaciones hereditarias de la especie para adaptarse al medio. Se relaciona con las mutaciones del gen, con efectos hereditarios, así con cambios causados en nuevos alelos con fenotipos nuevos podemos identificar el gen. Como las mutaciones son deletéreas, una mutación demasiado frecuente supondría una desventaja para los individuos que la sufriesen. Una tasa de mutación demasiado baja no aporta novedades ventajosas adaptativas para el avance evolutivo en condiciones nuevas, las velocidades de mutación suelen ser óptimas para el organismo.
Todos los organismos tienen aproximadamente la misma frecuencia de mutación por replicación, tanto si son grandes como si son pequeños. La tasa de mutación del genoma como un todo consiste en la suma de las tasas de mutación de todos los genes.


N: número total de genes
U: Tasa de mutación de todos los genes juntos
u: genes aislados con tasa de mutación
N= U/u
Drake ha estimado una tasa de mutación por par de bases mucho mayor para genes particulares de los virus que de las bacterias. No da diferencia significativa si se tiene en cuenta que los números de pares de bases son mayores en las bacterias que en los virus.

CEPA: es cuando los cambios en la virulencia tienen diferentes propiedades biológicas hasta ahora SARS-CoV-2 tiene diferentes secuencias de genomas pero las mismas propiedades biológicas, son la misma cepa.


VARIANTE: cuando los virus tienen varias mutaciones que hacen que se vayan agrupando en ramas filogenéticas.


TASA DE MORTALIDAD: se toma como referencia la población total.


TASA DE LETALIDAD: solo se tiene en cuenta las personas afectadas por la enfermedad.


TASA DE MUTACIÓN: frecuencia de más mutaciones en un solo gen u organismo a lo largo del tiempo.


LA TASA DE MUTACIÓN ALTA: aumenta el número de mutaciones perjudicales o deletereas de los individuos. Cada especie tiene una «tasa de mutación» que ha sido modulada por la «seleccion natural» para enfrentarse a la estabilidad de cambio en el ambiente.
Las tasas de mutación espontáneas son 10 elevado a -5 o 10 elevado a -6 por gen y generación.

Bibliografía:


International Committee on Taxonomy of Viruse: ICTV: «Coronavirus»
https://talk.ictvonline.org/search-124283882/?q=coranovirus#gsc.tab=0&gsc.q=coranovirus&gsc.page=1

Nuno, Rodrigues Faria, “COVID-19 complete virus genomes,” University Oxford, United Kingdom- Univ. Sao Paulo, Brasil, Virological.org 2020
http://virological.org/t/first-cases-of-coronavirus-disease-covid-19-in-brazil-south-america-2-genomes-3rd-march-2020/409

OMS: «Tasa de letalidad COVID-19 «
https://www.who.int/bulletin/volumes/99/1/20-265892-ab/es/

GISAID
https://www.gisaid.org/


Drake, J.W. , “Comparative rates of spontaneous mutation”. Nature., 1969


Strickberger, Monroe W.“Genética” Universidad de Missouri. Ed. Omega, 1978

Covid-19: Inmunidad familiar

26 sábado Sep 2020

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Es algo extraño que uno de los dos esposos ha dado positivo y el otro negativo, a pesar de estar en la misma casa, compartiendo todo. Incluso cuando hay convalecencia, cuidando uno al otro durante dias, da negativa la prueba, no se ha contagiado.

Hay varias explicaciones posibles:

  1. Se han respetado las recomendaciones de aislamiento: uso individual de habitación y baño, lavado de manos, distancia de seguridad. La transmisión se ha bloqueado.
  2. El negativo en el test de anticuerpos es “una apariencia de no contagio”, no tener anticuerpos no significa no haber pasado la enfermedad.

Un estudio de seroprevalencia del Instituto de Salud Carlos III, indica que un porcentaje de los afectados los anticuerpos IgG, desparecen transcurrido un tiempo tras la infección.

3. La existencia de la inmunidad celular o innata en la lucha contra el SARS-CoV-2, mediada por los linfocitos T de memoria. Personas que ante la infección no han producido anticuerpos o en poca cantidad, al actuar las células T.

Un estudio en siete familias publicado en medRxiv del Instituto Nacional de Investigación Médica francés (INSERM) destaca la respuesta celular.

Otro estudio del Instituto Karolinka de Suecia, destaca la fuerte respuesta de células T que se desencadena frente al coronavirus, dándose doble individuos con respuesta celular T de memoria frente a los que presentan anticuerpos.

Un estudio Publicado en “The Lancet Infectious Diseases” realizado en la ciudad de Guangzho en personas sin síntomas, evalúa la transmisión del SARS-Cov-2 entre las personas que viven en un mismo domicilio y los miembros de una misma familia. Rastrean 349 personas con Covid-19 y sus 1.964 contactos más cercanos.La probabilidad de transmitir el virus fue mayor entre los miembros de una misma familia y los que viven juntos con una tasa de contagio del 17%; mayor entre los mayores de 60 años un 28%, entre los menores de 20 años un 6,4%.

Bibliografía:

Comunidad de Madrid, «Informe epidemiológico del coronavirus 22-09-2020»

https://www.comunidad.madrid/sites/default/files/doc/sanidad/epid/informe_epidemiologico_semanal_covid.pdf

INE: «Información estadística para el análisis del impacto de la crisis COVID-19»

https://www.ine.es/covid/covid_inicio.htm

SEI: Sociedad Española de Inmunología: «COVID-19»

https://www.inmunologia.org/index.php/component/search/?searchword=covid&searchphrase=all&Itemid=101

Instituto de Salud Carlos III:  «Estudio de SERO-EPIDEMIOLOGÍA Sars-Cov-2 en España»

Haz clic para acceder a ESTUDIO_ENE-COVID19_INFORME_FINAL.pdf

Qin-Long Jing, PhD et al; “Household secondary attack rate of COVID-19 and associated determinants in Guangzhou”, The Lancet Infectious Diseases, Volume 20, issue 10, P1141-1150, October o1, 2020

https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30471-0/fulltext

Floriante Gallais et al.; “Intrafamilial Exposure to SARS-CoV-2 Induces Cellular Immune Response without Seroconversion” medRxiv; BMJ; June 22, 2020

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.21.20132449v1

Takuya Sekine et al.; “Robust T cell immunity in convalescent individuals with asymptomatic or mild COVID-19”; bioRxiv Cell; June 29; 2020

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.29.174888v1

COVID-19: Procesos inflamatorios

26 jueves Mar 2020

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Citoquina

 

Cuando una célula detecta que es infectada por un virus libera citoquinas, que activa las células para luchar contra el virus. Estas citoquinas inducen fiebre y otros síntomas debido a la fuerte respuesta inflamatoria. Cuando la infección lleva a una inflamación aguda en las vías respiratorias se produce neumonía que puede ser grave.

Macrófago

La evidencia sugiere que un grupo de pacientes con COVID-19 grave podría tener un síndrome de tormenta de citoquinas.
La linfohistiocitosis hemofagocítica secundaria (SHLH) es un síndrome hiperinflamatorio que se caracteriza por una hipercitoquinemia fulminante y mortal con insuficiencia multiorgánica. En adultos, la SHLH se desencadena con mayor frecuencia por infecciones virales y ocurre en 3,7-4,3% de los casos de sepsis.

 
Un perfil de citoquinas está relacionado con COVID-19, caracterizada por:
– un aumento de la interleucina (IL)-2, IL-7,
– factor estimulante de colonias de granulocitos
– proteína 10 inducible por interferón gamma
– proteína quimioatrayente de monocitos 1
– proteína inflamatoria de macrófagos 1 alfa
– factor de necrosis tumoral alfa

Transducción
Un artículo publicado en Journal of Clinical Investigation por investigadores del del CSIC (CNB-CSIC) junto al IdiPaz y el Hospital Universitario Príncipe de Asturias arroja que la proteína p21 promueve la reprogramación de los macrófagos desde M1 a M2. Esta proteína ejerce su efecto sobre los macrófagos controlando la producción de IFN-beta, una molécula proinflamatoria. Esta función de p21 es independiente de sus efectos sobre la proliferación celular durante el desarrollo. P21 actúa como un freno de la inflamación que controla la excesiva activación de los macrófagos M1.

 

 

Bibliografía:

 

 

Puja Mehta et al.; “Covid-19: consider cytokine storm síndromes and immunosuppression”, The Lancet, 2020
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30628-0/fulltext

 

Dove B, et al.; “Cell cycle perturbations induced by infection with the coronavirus infections bronchitis virus and their effect on virus replication”, J. Virol; 2006

 

Gorjana Rackov et al; “P21 mediates macrophage reprogramming through regulation of p50-p50 NF-KB and IFN-beta”. The Journal of Clinical Investigation, 2017

 

Ed. Sunil K. Lal; “Molecular Biology of the SARS-Coronavirus”; Springer. 2010

 

Marianna Trakala et al.; “Regulation of macrophage activation and septic shock susceptibility via p21 (WAF1/CIP1), Immunology: 2009

 

Lang, A et al.; “Severe acute respiratory syndrome coronavirus fails to activate cytokine-mediated immune responses in cultured human”, J. Virol; 2006

Haz clic para acceder a p21%20mediates%20macrophage%20reprogramming….pdf

 

 

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